En 2025 comenzó la asfixia presupuestal. De los 25 mil 122.9 millones que se programaron para el Interoceánico, Hacienda realizó ajustes para dejarle 3 mil 766.3 millones de pesos
Este padecimiento fue el de el mayor costo para el Instituto durante 2025, debido a que la atención de 4 millones de pacientes mismo que implicó un gasto estimado de 44 mil millones de pesos
La iniciativa plantea elevar del 1 al 3 por ciento del Presupuesto de Egresos los recursos destinados a investigación científica, desarrollo tecnológico e innovación